Nho giáo hình thành ảnh hưởng trong xã hội qua hệ thống giáo dục và khoa cử. Vì văn học mở mang nên lực lượng sĩ phu ngày càng đông. Họ noi gương Khổng Tử, Mạnh Tử.

Trong xã hội bắt đầu hình thành tầng lớp nho sĩ và nảy sinh việc phê phán Phật giáo. Các nho sĩ Đại Việt đương thời chịu ảnh hưởng của Tống Nho (với quan điểm là "hợp lý, thực tế và kỳ thị"[9]). Vua Trần Thái Tông tuy chân thành mộ đạo Phật nhưng cũng chịu ảnh hưởng nhất định của các Nho sĩ theo Tống nho, trong cách biện giải triết lý nhà Phật, vua đều lấy Nho học làm phương tiện chính. Sau này 3 vị tổ dòng Thiền Trúc Lâm Yên Tử (Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang) đều theo cách đó của vua Thái Tông và điều đó được xem là bước chuyển dịch từ Phật giáo qua Nho giáo thời Trần[9].

Ngoài Trương Hán Siêu phê phán một số tăng đồ, Lê Văn Hưu cũng phê phán nhà Lý quá sùng đạo Phật nên tiêu phí tiền của vào việc xây cất. Tuy nhiên, việc phê phán Phật giáo của tầng lớp Nho sĩ chỉ ở hình thức bên ngoài mà không bàn luận tới giáo lý[1].

Các nhà Nho nổi tiếng thời Trần có Lê Văn Hưu, Mạc Đĩnh Chi, Nguyễn Trung Ngạn, Trương Hán Siêu, Hàn Thuyên, Nguyễn Sĩ Cố, Chu Văn An... Tuy Nho giáo có ảnh hưởng lớn hơn thời kỳ đầu nhưng chưa thực sự thấm sâu[10], chủ yếu đáng kể ở việc đề cao tư cách đạo đức của người quân tử, tôn trọng nghi thức thờ tự và kỷ cương triều đình. Có 3 nhà Nho từng được thờ tự ở Văn Miếu là Chu Văn An, Trương Hán Siêu và Đỗ Tử Bình nhưng sau đó Trương Hán Siêu và Đỗ Tử Bình bị tước bỏ, chỉ còn lại Chu Văn An[11].

Lê Văn Siêu cho rằng từ nửa cuối thế kỷ 14 nhà Trần có dấu hiệu suy yếu có phần ảnh hưởng từ tôn giáo: Phật giáo không còn được sùng kính, còn Nho giáo cũng chưa ra Nho giáo chính thống, tinh thần của toàn xã hội không có ngọn cờ nào dẫn đường ngoài những hấp dẫn của danh và lợi[12].